仮説というほどのものではありません。日本書紀の編纂者は、出雲大社と大国主神を書きたくなかったから書かなかった　で、お終いです。そんなものは、仮説とはいいません。根拠を示せと言われると思います。そんな根拠があれば苦労しません。
しかし、根拠らしきものは、いっぱいあります。
それは、知りたい人がご自分で探せばいいことになります。その時のヒントは書いておきます。古事記に書いてあって、日本書紀に書いてない部分を見つければ良いことになります。問題は、その部分を見つけるためには、古事記と日本書紀を自分で読まなければなりません。読むことが出来ない人はお手上げです。誰かが、翻訳されたものを選ぶことになります。ただ、神武天皇が実在しなかったとか、神武天皇以前は、神話であると解釈しておられる方のものは、記紀は参考になりません。
と、偉そうなことを書いてきましたが、私も読むことができません。田村誠一という方が、言っておられることを紹介するだけになります。
その例をいくつか上げてみます。

その1　法隆寺の焼失と復興
　法隆寺が焼けたことを、日本書記は書いています。天智天皇9年4月30日に「暁に法隆寺に出火があった。一舎も残らず焼けた。大雨が降り雷鳴が轟いた」とのみ書いてあるだけです。法隆寺は初め斑鳩寺と呼び、聖徳太子の斑鳩宮に隣接して建立された寺です。その年代は606年頃とされています。708（和銅元）年に再建 が始まり、747（天平１９）年には完成されていました。
もう少し、詳しく書きますと、まず金堂が建ち、711年（和銅４年）には五重塔と中門も完成していたといわれる。その後 鐘楼・経蔵・講堂・僧坊・食堂・西円堂等、次々と建てられ、平安時代末期には現在の西院の 形が整ったとされています。

古事記は推古天皇までしか書かれていません。勿論、日本書紀に書かれている焼失のことは書かれていません。
他の資料としましては、平安時代の『上宮聖徳太子伝補闕記』には次のように記しています。
　庚午年(670)四月三十日夜半、有災斑鳩寺
こちらは、法隆寺ではなく、斑鳩寺となっています。

創建再建についての記載は無いが、昭和14年に、いわゆる若草伽藍跡の発掘調査で、現在の寺院より古い形式の四天王寺式伽藍配置の遺構が検出され、-法隆寺の火災消失が裏付けられたので、現在の伽藍は、その消失後の建立と見られています。では、どれぐらい後から再建されたかと想像しますには、法隆寺の近くに、法輪寺というお寺があります。
創建の年は判りませんが、『上宮聖徳太子伝補闕記』に斑鳩寺消失後に三人の百済人に造らせたと記します。「斑鳩寺被災(天智九年670)之後、衆人不得定寺地。故百済人師率衆人、令造葛野峰岡寺、令造川内高井寺、百済闡師、円明師、下氷君雑物等三人合造三井寺」
　昭和25年以降の考古学的調査で伽藍配置は法隆寺西院と同じ形式であり、規模はその2/3、方位も一致と判明しました。近くであるだけに、法隆寺と相似形の法輪寺を建てたということは、法隆寺を建てる前に試しに建てたのではないでしょうか?  

世界遺産に指定されました法隆寺が所在する斑鳩（いかるが）の里には、他にも法起寺、法輪寺、中宮寺(現在の位置とは違う)など、聖徳太子ゆかりの古代寺院が存在します。法起寺は法隆寺東院の北東方の山裾の岡本地区に位置します。この地は聖徳太子が法華経を講じた「岡本宮」の跡地と言われ、太子の遺言により子息の山背大兄王（やましろのおおえのおう）が岡本宮を寺に改めたのが法起寺の始まりとされています。
　このように見てきますと、法輪寺のことは、ともかくとして、法隆寺が焼けたことを書いたのであれば、再建されたことを書いても良かったと思われます。
　
焼けた670年から、五重塔と中門も完成した711年、その後も、鐘楼・経蔵・講堂・僧坊・食堂・西円堂等が建築されているときは、712年には、古事記が完成、720年には、日本書記が完成しています。

法隆寺の再建は、当然話題になったでしょうに、あざ笑うかのように、燃えた様子のみを書きました。どれほどの大火であったかは、「一舎も残らず焼けた。大雨が降り雷鳴が轟いた」と記しました。
聖徳太子のことは、書きたくなかったのだと思います。聖徳太子だけではありません。日本書紀は、天皇家のことは、極力書かないようにしました。