『日本書紀』神武天皇のところに、掲載。天の磐船(ｲﾜﾌﾈ)に乗って大和に飛来。その名をニギハヤヒは大和の鳥見の長髄彦(ﾅｶﾞｽﾈﾋｺ)の妹と結婚。
ナガスネヒコと共に神武と戦う。神武とニギハヤヒはそれぞれの天羽羽矢を見せあうことで、互いに天神の子であることを知り、ニギハヤヒはナガスネヒコを殺して神武に降伏した。
ニギハヤヒは『古事記』では、磯城攻略後、疲れと飢えで動けなくなった神武への救援者として描かれている。『先代旧辞本紀』は、ニギハヤヒを天孫ニニギの兄とし、河内国哮峰（現在の大阪府交野市私市の哮ケ峰）に天降ったとする。同地にはニギハヤヒを祀る磐舟神社もある。