籠神社は、奥宮と本宮(下宮)に分かれています。奥宮は、磐座主座(上宮)と磐座西座に分かれています。奥宮はただ大きな岩があるだけで、建物は小さなものがあるのみです。

奥宮　真名井神社　（古稱　匏宮・吉佐宮・与謝宮・久志濱宮）
（別稱　豊受大神宮・比沼真名井・外宮元宮・元伊勢大元宮)
磐座主座(上宮)
　祭神　豊受大神
亦名　天御中主神・国常立尊、その御顕現の神を倉稲魂命（稲荷大神）と申す。天御中主神は宇宙根源の大元霊神であり、五穀農耕の祖神であり、開運厄除、衣食住守護、諸業繁栄を司どられ、水の徳顕著で生命を守られる。相殿に、罔象女命、彦火火出見尊、神代五代神を祭る。(神社ノデーターより)

磐座西座
　祭神　天照大神、伊射奈岐大神、伊射奈美大神
この磐座は日之小宮と申し、主神は天照大神であらせられる。奈岐・奈美二神は大八州（日本）の国生みの伝で有名であらせられる。当社奥宮境内真名井原に降臨せられ、天橋立（天地通行の梯）をお造りになられた大神で、夫婦和合、家内安全、授子安産、延命長寿、縁結びの御徳が著名であらせられる。(神社のデーターより)

本宮　籠神社　
別称　籠宮大社元、伊勢大神宮、伊勢根本、伊勢根本、丹後一宮、一の宮大神宮、内宮元宮）
神代に、彦火火出見命（彦火明命の別名とも伝えられる）が籠船にて龍宮へ行かれたとの傳に依って籠宮を云う。養老元年以前は、同命が主神とされていたが、其後、下記の命が主神と祭らる

主神　彦火明命　亦名　天火明命・天照御魂神・天照国照彦火明命・饒速日命、 又極秘伝に依れば、同命は山城の賀茂別雷神と異名同神であり、その御祖の大神（下 鴨）も併せ祭られているとも伝えられる。尚、彦火火出見命は、養老年間以後境内の別宮に祭られて、現今に及んでいる。彦火明命は天孫として、天祖から息津鏡・辺津鏡を賜わり、大和国及丹後・丹波地方に降臨されて、これらの地方を開発せられ、丹波国造の祖神であらせられる。又別の古伝に依れば、十種神宝を將来された天照国照彦天火明櫛玉饒速日命であると云い、又彦火火出見命の御弟火明命と云い、更に又大汝命の御子であると云い、一に丹波道主王とも云う。
子孫長福、家内安全、諸病平癒の御神徳が聞こえる。

相殿　豊受大神・天照大神・海神(ﾜﾀﾂﾐﾉｶﾐ)・天水分神(ｱﾒﾉﾐｸﾏﾘﾉｶﾐ)
　豊受大神は御饌津神とも申され、天照大神は、あまねく萬物を化育される天日の徳のように、天下蒼生を火の徳、高い徳を以ってお恵みに なり、生命を活動させられ、皇室や日本民族の大祖神と仰がれ、御饌津神は天照大神が崇祭された大神である。(神社のデーターより)

籠神社に残されている重要なもの。
�@「海部氏系図」、
Ａ『縦系図』---歴代の名前を縦一列に記した系図
Ｂ『勘注系図』----注釈が入って詳しい系図

　奈良時代初期の『記紀』の完成より百年も前、聖徳太子や蘇我馬子らが国史の編纂を企画して、諸国の豪族から家伝の歴史を集めたことがありました。この時、饒速日命の子孫で丹波国の豪族で、国造でもあった海部家の海部直止羅宿禰が『丹波国造本記』なる一族の史書を編纂して朝廷に献上し、それとは別に似た内容の自家用をつくって保存しました。
　止羅宿禰の三代あとの養老五年（721）になって、これを数人で修選して『籠名神社祝部氏之本記』としました。これは『日本書紀』が編纂された翌年です。海部家としては、日本書紀に書かれていることが、自分達にとって、面白くなかったのかも知れません。

それから平安前期に、第三十二世の海部直田雄祝が勅命をうけ、過去の史料をもとに朝廷
に差し出すための自家の系図を作成し、『籠名神社祝部氏系図』と名づけて丹後の役所に提
出、同時に同じ内容の副本をつくってこれにも役所の丹後國印をうけて神社に保存しまし
た。
丹後國印は各宮司の上に押印されて、その数28個になりますが、薄く読みづらいものでしたが、昭和62年、村田正志氏の鑑定により、丹後國印の四文字であることが確認されました。この系図のはじめに、丹後国与謝郡従四位下籠名神と記されていますから、従四位下になった貞観十三年(871)から従四位上に昇格した元慶元年(877)の間に、系図が作られたことが判ります。これがＡ『縦系図』です。
丹後國印の印があるということは、重要なことで、この系図が西暦870年台に作られたことが間違いないということです。
一番の問題点は、第四世から第十七世までが抜けていることです。抜けたのではなくやはり、書きたくなかったのでしょう。この第四世から第十七世にかけての時代は、大和朝廷でいえば〈倭迹迹日百襲姫命〉や崇神天皇の時代前後に相当していますし、『魏志倭人伝』でいえば〈卑彌呼〉の時代とその前後に相当しています。

是に対して、Ｂ
第三十三世の海部直稻雄が、仁和年中（885〜889年）に、それまでの《籠神社》の秘史をもとにして『籠名神宮祝部丹波国造海部直等氏之本記』なる詳しい説明つきの系図をつくりました。それが伝わっている『勘注系図』です。これには、『縦系図』で抜けていた大和朝廷確立期の海部氏の先祖（つまりは〈饒速日命〉の子孫）のことも記されています。このように、『勘注系図』は『縦系図』より詳しいですが、写本ですから、現存のものは、江戸時代初期のものと言われています。だから、初めに作られたときと内容が異なっている可能性はあります。
その内容は、『古事記』『日本書紀』などとはかなり違っていて、海部氏と遠い親戚の物部一族が編纂したとされる『先代旧事本紀』に似ているそうです。例えば、大和朝廷の神武天皇と張り合った〈饒速日命〉の子孫を重要視しているそうです。

このような事から、徳川光圀が有名な『大日本史』の編纂を計画したとき、この『勘注系図』の存在を知って見たいと申し入れましたが、断ったとの話もあり、昭和51年まで公開されることはありませんでした。海部氏が、天皇家と同じ祖先であるということを自分から言い出すのは、恐れ多いことであるような文章が『古代海部氏の系図』金久与市著に書かれていますが、偽書と言われてはいますが、『先代旧事本紀』などと平行して読みますと、朝廷の正史を書き換えるもので、時代によっては、発表しておれば、取り潰しにあっていたと思われます。