天武天皇には10人の皇子と7人の皇女がいたため皇位継承問題が複雑だったでしょう。持統天皇は皇位を自分の子供である草壁皇子に継がそうと考えたと思われます。689(持統3)年4月13日　草壁皇子、死亡が死にますと、他の人に皇位を渡すことなく、自分が天皇になります。690持統4年1月1日のことです。確かに、自分が天皇になるきっかけは、草壁皇子の死が即位の引き金になったと思われます。それは、草壁皇子の子供、即ち、自分の孫である軽皇子に継がせたかったからだという説が多いです。孫ですから、年齢が小さすぎますから、軽皇子が大きくなるまでの一時的な天皇であるという説です。
流れは確かに、このように考えると辻褄が合うように思われます。
ただ、順番から考えますと、天武天皇の第一皇子である高市皇子がいます。高市皇子のことを少し書いて見ます。
高市皇子は654(白雉5)？〜696(持統10)の人です。
父---天武天皇(第1皇子)
母--胸形君徳善の女、尼子娘。御名部皇女(天智天皇の皇女)
結婚
御名部皇女(天智天皇の皇女)　　　子供‐--長屋王
子供--鈴鹿王・河内女王・山形女王

関連事項
　　高市県主のもとで養育を受ける。
672(天武1)年、壬申の乱勃発の際は大津皇子と共に近江にいた。
6月25日、積殖(柘植)山口で父らの一行に合流した。
6月26日、伊勢国朝明郡において将軍に任命され、不破に派遣される。
6月27日、不破に父を迎え入れる。大海人は高市皇子に全軍の指揮を一　　　　
任し、自らは野上に行宮を造る。
672(天武1)年、飛鳥浄御原にて天武天皇即位、?野皇女は皇后に。
大臣を置かず皇后・皇子らが輔佐する皇親中心の政治を行う。
678(天武7)年4.7、倉梯の斎宮への行幸に出発した際、異母姉の十市皇女(天武第１皇女。故大友皇子の妃)が宮中で急死。
681年(天武10)　　2月、異母弟の草壁皇子(20歳)が立太子。
685年(天武14)　1月、冠位四十八階制定の際は、草壁皇子の浄広壱位・大津皇子の浄大弐位に次ぐ浄広弐位に叙せられる。
689(持統3)年4月13日　草壁皇子、死亡。(28歳)
690年(持統4年)　　1月1日、即位の式を挙げて自ら皇位に就いた(持統天皇)。
7月、太政大臣に任ぜられる。
10月29日、公卿官僚らを率いて藤原の宮地を視察。
691年(持統5年)　1月4日、二千戸を加増され、計五千戸という莫大な食封を得る。693年(持統7年)　1月2日、浄広壱に昇叙される。
696年(持統10)年7月、高市皇子、薨ず(43歳、一説に42歳)。
697年 軽皇子(文武天皇･15才)立太子(2月)、文武天皇即位(8月)です。15才という年齢を考えますとぎりぎりの年齢と思われます。持統天皇には、なにか急ぐ理由があったはずです。急ぐ必要のあったのは、持統以外の人だったのかもしれません。
持統天皇が即位してからは、高市皇子は、同年7月に太政大臣に。持統5年に二千戸加増。持統7年には浄広壱に昇叙。このように眺めますと、持統天皇が、体力的に天皇を続けることが出来ないのであれば、高市皇子に皇位を譲るべきですが、譲ることは出来なかったようです。696年死因はわかりませんが、高市皇子は死んでいます。そして、次の年には、軽皇子(文武天皇･15才)立太子(2月)、文武天皇即位(8月)と続きます。

傀儡政権をめざす藤原氏の力が作用したのではないでしょうか？　苦労して天皇を務めてきた持統天皇にとっては、15歳の文武天皇では、天皇は務まらないことは知っていたはずです。だから歴史上はじめての太上天皇となって、実権を握っていたとある書物には書かれていますが、晩年の天皇は、恩赦をしたり褒美を与えたり、広瀬と竜田を祭らせたりの記事ばかりです。藤原京の造営をした天皇には似つかわしくない弱気の様子が感じられます。
日本書紀の記事は、697年8月1日に位を譲ったところで終わっています。
702年（42才） 持統太上天皇の死(12月)を考えますと、5年間は書くほどことはなかったことになります。本当は、沢山あったが、日本書紀では書かれなかったのではとも考えることが出来ます。　
持統天皇は可愛い孫に皇位をゆずったという考えも成り立ちますが、必ずしもそうとは思えません。それは、藤原不比等の娘である宮子が、文武天皇と結婚しています。
このことが、この後の藤原氏の繁栄に結びつきますから、文武天皇の即位も持統天皇よりも藤原氏の意向の方が強かったのではないかと考えています